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Ce chapitre examine les stratégies computationnelles actuelles pour explorer les ensembles conformationnels de l'ARN, en soulignant les défis liés à l'échantillonnage et aux champs de force, tout en illustrant leur impact via des études de cas et en mettant en avant l'intégration future des données expérimentales et de l'apprentissage automatique.
Cette étude démontre que les vésicules extracellulaires isolées du cortex embryonnaire de souris exercent un effet neuroprotecteur en stabilisant les microtubules et en restaurant la respiration mitochondriale via une signalisation multipathway centrée sur la CaMKIIα, offrant ainsi une stratégie prometteuse pour lutter contre le vieillissement neuronal et les maladies neurodégénératives.
Cette étude révèle que le facteur de transcription FOXC1 active l'expression d'ARHGAP36 pour inhiber la PKA et stimuler la voie Hedgehog, un mécanisme qui, bien qu'associé à des cancers agressifs, prédit paradoxalement une meilleure survie à cinq ans chez les patients atteints de neuroblastome.
Cette étude révèle que l'ARN polymérase des spirochètes, bien que moins efficace pour déstabiliser les promoteurs que celle d'Escherichia coli, compense cette déficience grâce à la protéine CarD et adopte un mécanisme de déverrouillage unique du promoteur et une liaison non spécifique à l'ADN, éclairant ainsi la régulation transcriptionnelle et la structure du nucléoïde chez ces bactéries pathogènes.
Cette étude démontre que l'épissage alternatif du gène MDM2, favorisé par le stress génotoxique et impliqué dans le cancer, est régulé par un élément distal dans le dernier exon selon un modèle de régulon d'exons, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives thérapeutiques ciblant spécifiquement les variants d'épissage tumoraux.
Les chercheurs ont développé un modèle cellulaire neuronal réversible et inductible de déficit en SIRT6 qui accélère le vieillissement pour recréer les signatures transcriptomiques du vieillissement cérébral et de la maladie d'Alzheimer, permettant ainsi d'identifier des voies clés comme le transport nucléocytoplasmique et de distinguer les changements physiologiques réversibles des altérations pathologiques.
Cette étude démontre que la mutation H2A.Z R80C, qui déstabilise les nucléosomes, supprime le phénotype sécrétoire associé à la sénescence (SASP) dans les fibroblastes humains en réduisant l'acétylation H3K27ac aux loci des gènes du SASP, sans affecter l'expression des gènes du cycle cellulaire.
Cette étude présente un nouveau modèle cellulaire (CHACR) pour élucider les mécanismes de conversion allélique induite par Cas9 et identifier des modulateurs, tels que l'inhibition de DNA-PKcs ou la surexpression de RAD51, afin d'augmenter l'efficacité de cette conversion pour réparer des mutations pathogènes hétérozygotes.
Cette étude révèle que la levure industrielle *Komagataella phaffii* est exceptionnelle parmi les champignons car elle encode deux facteurs de transcription Pho4 fonctionnels et partiellement redondants, PHO4(A) et PHO4(B), qui régulent conjointement l'adaptation à la carence en phosphate et au stress alcalin.
Une analyse transcriptomique révèle que les requins expriment significativement plus de gènes liés à quatre voies majeures de réparation de l'ADN que les raies et les roussettes, suggérant une meilleure capacité à résister aux dommages génétiques causés par la pollution marine.
Cet article a été retiré par ses auteurs car il fait l'objet d'une révision substantielle intégrant de nouvelles données, et ils ne souhaitent pas qu'il soit cité en l'état.
Cette étude démontre qu'un oligonucléotide antisens allèle-spécifique ciblant la mutation EFEMP1 responsable de la dystrophie rétinienne en nid d'abeilles de Doyne permet de réduire l'accumulation de dépôts extracellulaires et de lipides dans un modèle dérivé de cellules de patients, suggérant une approche thérapeutique prometteuse pour cette maladie incurable.
Cette étude démontre que l'aneuploïdie confère aux cellules cancéreuses une résistance au stress oxydatif et favorise la métastase en activant le facteur de transcription CEBPB, qui réprime l'expression de PARP1 et inhibe ainsi la mort cellulaire par parthanatos.
Cette étude démontre que les altérations liées à l'âge de la composition membranaire influencent la structure des fibrilles d'α-synucléine et leur capacité à induire des pathologies neuronales, établissant ainsi un lien direct entre la dynamique membranaire et la neurodégénérescence amyloïde.
Cet article présente deux stratégies d'inférence sans réentraînement, Interpolate-Integrate et Replacement Guidance, permettant de conditionner des modèles de Flow Matching équivariants E(3) pour concevoir des ligands 3D bioisostères en préservant la forme et les motifs pharmacophores à partir de graines ou de fragments, sans nécessiter la présence des atomes originaux.